Lo stipendio dei medici italiani varia fortemente tra SSN e libera professione, tra medico di base e specialista ospedaliero, e tra regioni con diversa dotazione organica.
Lo stipendio dei medici varia enormemente in base al ruolo: un medico ospedaliero dipendente (dirigente medico) segue il CCNL Sanità con una RAL base a cui si aggiungono indennità di specificità medica, guardie e reperibilità, mentre un medico di medicina generale (medico di base) è convenzionato con il Servizio Sanitario Nazionale e ha un regime fiscale diverso, più simile a quello di un libero professionista, basato su quote capitarie per assistito.
Molti medici ospedalieri integrano il reddito da dipendente con libera professione intramoenia (attività privata svolta all'interno della struttura pubblica), che genera un reddito aggiuntivo tassato separatamente secondo regole specifiche, distinte dalla RAL da dipendente.
Le guardie mediche, la reperibilità e le indennità di pronto soccorso rappresentano spesso una quota rilevante e variabile della retribuzione complessiva, particolarmente nei reparti più critici o nelle strutture con maggiore carenza di personale.
Lo stipendio di un medico dipendente dal Servizio Sanitario Nazionale è definito dal CCNL a livello nazionale, ma nella pratica esistono differenze significative tra regioni: le aree con maggiore carenza di personale medico (parte del Sud Italia, alcune zone di montagna, piccoli ospedali periferici) offrono spesso indennità aggiuntive, incentivi all'assunzione o corsie preferenziali di carriera pur di attrarre professionisti, mentre nelle grandi città con più candidati la componente variabile della retribuzione tende ad essere meno generosa a parità di ruolo.
Anche la specializzazione scelta incide sul netto in busta paga: reparti come anestesia e rianimazione, pronto soccorso, chirurgia d'urgenza e terapia intensiva prevedono indennità di rischio, di specificità medica e maggiorazioni per turni notturni/festivi più elevate rispetto a specializzazioni con carichi di guardia meno intensi, a parità di anzianità di servizio e di livello contrattuale.
Chi lavora in strutture private accreditate o case di cura può percepire retribuzioni competitive con il pubblico, talvolta superiori nel breve periodo, ma generalmente con minore stabilità contrattuale e progressione di carriera meno strutturata rispetto al SSN. Un caso a parte riguarda i medici in formazione specialistica, che durante la scuola di specializzazione percepiscono una borsa di studio (non uno stipendio da dipendente in senso stretto), soggetta comunque a tassazione IRPEF ma con un trattamento contributivo previdenziale differente rispetto al rapporto di lavoro dipendente ordinario.
Un numero crescente di medici, soprattutto specialisti con expertise consolidata, sceglie infine la libera professione esclusiva (fuori dal rapporto di dipendenza pubblica), aprendo partita IVA e fatturando direttamente pazienti o strutture private: in questo caso il confronto con la RAL da dipendente SSN richiede di considerare, oltre alla maggiore variabilità del reddito, l'assenza di ferie e malattia retribuite, i contributi previdenziali versati alla propria cassa di categoria (ENPAM) e i costi di gestione di uno studio professionale.